En más de una ocasión se ha exigido la destitución de Francisco Javier Avelar González del Consejo Ciudadano del Modelo Integral de de Aguas de Aguascalientes (MIAA) por su presunta participación en el fraude piramidal que le costó a la Universidad Autónoma de Aguascalientes (UAA) 213 millones de pesos; sin embargo estas quejas no han sido atendidas por el organismo municipal, ya que de acuerdo al director general de MIAA, Jesús Vallín, no hay información oficial sobre la participación del exrector; la solicitud de retirar del Consejo a Avelar González ha motivado la revisión de su gestión en la UAA, lo que ha derivado en la revelación de prácticas como la de nepotismo, al generar una plaza para contratar a su hermano Sergio Humberto Avelar González.
En julio del 2020, mediante el oficio 180/DGP/2020, Francisco Javier Avelar González ordenó al Director General de Difusión y Vinculación, Ismael Manuel Rodríguez Herrera, generar una plaza provisional para el puesto de Encargado Administrativo adscrito al Departamento Editorial para su hermano Sergio Humberto Avelar González, con contrato del 16 de julio al 31 de diciembre del 2020 y con un salario mensual tabulado de 13, 210 pesos. El contrato del hermano del entonces rector se renovó varias ocasiones hasta el 30 de junio del 2022.
En febrero del 2022, Susana Arellano Rodríguez, jefa del Departamento de Gestión Organizacional y Calidad, informa sobre el ascenso del Sergio Humberto Avelar González, para “ocupar de manera temporal la plaza No. 7698 del puesto de jefe de la Sección de Comercialización, 40 h a la semana” como suplente de Carlos Gutiérrez Lozano.
La contratación de Sergio Humberto Avelar González fue ordenada directamente por el entonces rector Francisco Javier Avelar González y fue avalada por el secretario general, Jesús González Hernández; el director general de Finanzas, Jorge Humberto López Reynoso; y la directora general de Planeación y Desarrollo, Sandra Yesenia Pinzón Castro, actualmente rectora de la Universidad Autónoma de Aguascalientes; de hecho, la promoción del hermano del rector Avelar González como suplente del jefe de la Sección de Comercialización tiene el visto bueno de Pinzón Castro.
La estafa en la que participó la UAA y que motivó la demanda de destituir a Francisco Javier Avelar González del Consejo Ciudadano del Modelo Integral del MIAA ya tuvo sus primeras consecuencias con la baja del jefe del Departamento de Análisis Financiero y Control de Gestión, Enrique Jimenez de la Hoya, así como las renuncias del director de Finanzas, Jorge Humberto López Reynoso (quien avaló la contratación de Sergio Humberto Avelar González) y Claudia Eugenia Martínez Herrera, titular del Departamento de Presupuesto y Administración Financiera. Hasta el momento se desconoce contra quiénes se habrían de girar órdenes de aprehensión por este caso, sin embargo, algunos de los citados por el Ministerio Público cuentan con un amparo, como el exrector Francisco Javier Avelar González.
